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La gouvernance du FFEM repose sur trois instances qui interagissent dès la phase d'élaboration de la stratégie jusqu'à la mise en oeuvre opérationnelle des projets.
La gouvernance

Le comité de pilotage 

Il se prononce sur la politique générale du FFEM et décide du financement des projets après avis du comité scientifique et technique et du secrétariat. 

Liste des institutions et des membres du Comité de pilotage : 

Le Ministère de l’Economie et des Finances
Cyril Rousseau
, Président du Comité de pilotage, Sous-directeur des Affaires financières multilatérales et du Développement
Leonardo Puppetto, Chef du Bureau de l’aide au développement et des institutions multilatérales de développement
Jérémy Lauer-Stumm (membre suppléant), Adjoint au chef du Bureau 
Juliana Devis-Cantillo (membre suppléant), Adjoint au chef du Bureau 

Le Ministère de l’Europe et des Affaires étrangères
Thomas Liebault
, Adjoint au sous-directeur de l’Environnement et du climat 
Vincent Szleper, Responsable du pôle Eaux, Pollutions, Affaires transversales
Viviane Habert (membre suppléant), Chargée des questions de financements

Le Ministère de la Transition écologique et solidaire
Stéphanie Croguennec
, Sous-directrice du changement climatique et du développement durable 
Stéphanie Belna (membre suppléant), Adjointe au Chef du bureau des Affaires globales
 

Le Ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation
Marie-Hélène Tusseau-Vuillemin
, Directrice scientifique du secteur "environnement univers" 
Alain Lagrange (membre suppléant), Chargé de mission "Ingénierie mer et développement" 

Le Ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation
Héloïse Pestel
, Sous-directrice internationale
Murielle Trouillet (membre suppléant), Chargée de mission "développement durable à l'international" 

L’Agence française de développement (AFD)
Sandrine Boucher, Directrice innovation
Jean-Noël Roulleau (membre suppléant), Responsable de la Division Appui Environnemental et Social au Département des Appuis Transversaux

Le comité scientifique et technique 

Il inspire les orientations stratégiques, garantit la pertinence et l’adéquation des projets avec celles-ci et contribue au suivi et à l’évaluation des projets. Il est composé de 12 personnalités qualifiées couvrant les domaines relevant du mandat du FFEM :

Agriculture / Eau 
Sébastien Treyer
, Président du CST, Directeur des programmes à l’IDDRI

Développement durable / économie
Julien Rochette
, Conseiller auprès de la direction, IDDRI    

Développement durable / forêt
Alain Karsenty
, Socio-économiste, CIRAD - département « Environnement et Sociétés »   

Eau / agriculture / forêt
Maya Leroy
, Agroparistech 

Biodiversité  
Doyle McKey
, Professeur en écologie, Université Montpelier II

Changement climatique / Energie    
Sandrine Mathy
, UPMF – CNRS PACTE-EDDEN - Chargée de recherche – 1ère classe CNRS    

Ecosystèmes littoraux / biologie marine
Christine Pergent-Martini, Maitre de conférences HC – HDR à l’Université de Corse  

Aménagement urbain
Luc Raimbault
, Ingénieur en chef - urbaniste
Cté d'agglo Cergy-Pontoise, DGA  

Dégradation des terres / désertification
Mélanie Requier-Desjardins
, Administrateur scientifique à l’IAMM du CIHEAM, enseignante-chercheure. Codirection de Master

Economie / Energie
Anjali Shanker
, Directrice Générale IED   

Science des biopolymères et du détritus
Nathalie Gontard
, Chercheuse dans les domaines de la bio-économie et de l’agroalimentaire

Le secrétariat

Il participe à chaque étape du cycle des projets : instruction, suivi en exécution, capitalisation et communication autour des projets. Il se compose de 12 agents permanents : 

Stéphanie Bouziges-Eschmann – Secrétaire générale

Aurélie Ahmim-Richard – Forêts-Agriculture
Constance Corbier-Barthaux – Biodiversité
Janique Etienne – Eaux internationales – Solutions fondées sur la nature 
Diane Menard – Pollution – Déchets – Ozone
Dominique Richard – Climat – Transition énergétique 

Laurence Alligbonnon – Conventions de financement 
Elisabeth Carpentier – Décaissements 
Delphine Donger – Communication 
Diane Ngo – Affaires générales et budgétaires 
Carine Perillier – Assistante coordinatrice