• un comité de pilotage interministériel, présidé par le Ministère de l’Economie

• un comité scientifique et technique garantissant la pertinence et l’adéquation des projets avec les orientations stratégiques actées par les institutions membres du comité de pilotage du FFEM

• et un secrétariat qui assure la gestion du cycle stratégique et du cycle d’instruction, ainsi que le suivi des projets.

Le comité de pilotage

il se réunit trois fois par an pour identifier les futurs projets et engager leur financement.

Il lance également des évaluations de projets, il statue dur le cadre de programmation stratégique du FFEM. Il approuve le budget du secrétariat et enfin il nomme les membres du Comités scientifique et technique.

Le comité scientifique et technique 

Ce comité est indépendant. Il se compose de 12 experts reconnus pour leurs compétences économiques, environnementales et sociales dans les domaines d'intervention du FFEM.

Le secrétariat

Composé de 10 agents permanents, le secrétariat a pour rôle l'instruction et le suivi des projets, la préparation et la mise en oeuvre des décisions du comité de pilotage, les relations sectorielles avec les différents partenaires qu'ils soient institutionnels, scientifique, économiques et associatifs.

Le secrétariat est confié à l'Agence Française de Développement qui fournit les moyens matériels et humains nécessaires à son fonctionnement. L'Etat a donné mandat à l'AFD de signer les conventions et les contrats relatifs aux projets financés par le FFEM.