Le FFEM privilégie les mécanismes qui répondent aux besoins de financement à long terme de la gestion de la biodiversité :

• Paiements pour services environnementaux,

• Fonds fiduciaires de conservation de la biodiversité,

• Développement de marchés favorables à la biodiversité,

• Compensation des dommages résiduels sur la biodiversité dans la séquence "Eviter-Réduire-Compenser".

Pour ces quatre grands types de mécanismes, le FFEM recherche des projets qui exercent un effet de levier sur l’augmentation des financements tout en s’efforçant d’éviter les effets de substitution et l’incitation au désengagement des financements publics.

Dans tous les cas, la recherche de co-bénéfices climat/biodiversité constitue une valeur ajoutée lors de la sélection des projets.